日本帝国主义发动侵华战争，罪恶累累，馨竹难书。别的不讲，单说达仁堂，不过是做药卖药、治病救人，于“日中亲善”、“东亚共荣”有什么妨害？可是那年头，日伪肆虐，倒行逆施，想做生意也难。
七七事变以后，烽火连天，交通阻断，邮路不通，达仁堂总管处收不到各地分号的汇款和号讯，各地分号的货源不能及时得到补充，生产和经营均难以为继，只能维持一天是一天。总管理处得不到各分号的信息，各分号也得不到总管理处的信息，想通过广播电台了解一下对方的情况，却又听不到，因为当局明令禁止使用两个电子管以上的收音机。达仁堂马家口店与达仁堂药厂虽然同在一城，相距不远，若要联系，也不容易。那时候丸药不像现在，有小盒、中盒包装，大多数品种的丸药那时候用秤称着卖。达仁堂每天要派人用蒲包或瓷坛装盛药丸，给滨江道上的马家口店上货。从1938年12月19日起，日伪当局封锁英法租界，滨江道地属法租界，没有通行证根本进不去。就这样，达仁堂的生意日渐萎缩，各个分号越来越冷清。
日伪当局为搜刮掠夺重要战略物资，成立了许多个物资“统制”组织。其中有一个“生药协会”，专门负责药材的统购统销，遇有日本稀缺药材，则输往日本，其他一些药材，如远志、麻黄、甘草等，则加价卖给中国厂商。达仁堂明知吃亏，也不得不参加“协会”，不得不掏冤枉钱购买质次价高的药材，因为不入“协会”，就甭想买到这些药材。
太平洋战争爆发后，日伪当局进一步加紧对天津的经济封锁，天津港进出口货物全部被日本人扣留，进出天津的主要道路设卡检查，禁止粮、棉、煤、金属、电讯器材和医药品出市。达仁堂只好靠一些跑单帮的贩子，冒着危险把药带出去。在铁蹄下经商，简直跟做贼一样。
1940年8月，天津伪财政局下令征收药业牙纪税。在沦陷的八年里，日伪当局在天津设立了二十多种苛捐杂税，尽极搜刮榨取之能事，而赋敛之毒，莫此为甚。药业牙纪税规定，药材不论出口、进口，买卖不论成交、没成交，只要货物移动位置，即须纳税。此税油水甚大，刚一颁行，大小税吏一改旧习，雷厉风行，设卡捞钱。达仁堂和同业各号，不堪其扰，群起反对，请愿罢市，据理力争。结果，牙税取消了，但是全市药业每年要向伪财政局纳税八万元——背着抱着一般沉。
天津沦陷以后，东北药商蜂拥进关，卖出买进，很有一些大手笔。天津交通比河北安国便利得多，有些东北商人到了天津就不再南下，安国通济元等大行栈见天津商机多，也都陆续北上进津，素与祁州庙会有业务联系的药材十三帮也随之纷纷向天津转移，于是上世纪40年代初，天津形成全国最大的中药市场之一。当时天津经济衰退，许多行业很不景气，现在既已形成中药市场，所以不少业外人士也向中药业投资。这一期间，天津的中药铺、行栈、刀房、膏药房等数量猛增，但是懂行者少，投机者众，市场容量有限，不可能家家有钱可赚。正因如此，天津的中药市场在日伪时期，投机倒把、囤积居奇、掺杂使假、粗制滥造，曾疯狂于一时。例如，本来是普通的牛黄清心丸，在一些药铺则美其名曰“加料牛黄清心丸”，好像是比别人多加了牛黄之类的细料似的，其实并没有。更有一些不肖之徒，把根本就没加牛黄的清心丸，称为“双加料牛黄清心丸”，以此蒙骗顾客。市场上还出现了一种叫做“万病丸”的成药，说是能治百病，其实仅能消食健胃而已。“丸散膏丹，神仙难辨”。不肖之徒正是抓住了中药的这个特点，肆无忌惮地坑人骗人。达仁堂不屑与这些人为伍，仍旧墨守陈规，严格自律，但在喧嚣的天津市场，生意则相形见绌了。
1942年，日伪当局成立“药业组合”，向天津倾销西药、洋当归洋川芎等洋药材，和日本的成方药——人丹、中将汤等，达仁堂等天津老字号中药铺的生意就更加难做了。
七七事变以后，达仁堂十八个分号，除天津、北京、上海、长春四地分号外，均无利润，于是不得不陆续关闭了香港、开封、青岛、太谷等分号，达仁堂从此跌入低谷。