清宫寿桃丸原为宫廷古方，从组方配伍到选择药材，再到加工工艺，都有诸多规矩。由于独特的制作技艺在达仁堂传承人的继承和发展下不间断的传承，可以说达仁堂的清宫寿桃丸与乾隆服用的“蟠桃丸”品质无异或更佳。达仁堂遵循炮制虽繁必不敢省人工”之祖训，将这味御药做出了宫廷的讲究，也让服用它的患者感受到了切实的疗效和制药者的良心。
整体来说，工艺流程包含以下几个部分：
一、清宫寿桃丸原材料处理包括：整理炮灸（依据天津市中药饮片切制规范1975年版）；
二、清宫寿桃丸配料工序包括：核对处方、重量，按通知单配料；以加工炮制后的净货投料、蒸罐、串料分别单放；配好的药料经专职检验员核对处方中品名、批号、药味、重量，重量差异不得超过规定上下限。
三、蒸罐、串料、烘干工序包括：打粉前机器的清洗，打粉细度为筛，出粉率80%，打完一份药粉，搅拌均匀后装袋，每完成一个品种将搅拌机清整干净。每批打粉剩渣不超过规定限量，药粉外协灭菌。
四、制丸工序包括：核对药粉名称、重量——温蜜——合坨搅拌——制丸——选丸——干燥——撞光。
五、包装工序包括：装丸——沾蜡——磨脐——用金戳打印药名（字迹清晰、干净）——小包装——中包装——大包装。
六、检验包括：原辅料质量检验，中间品和半成品的质量检验，成品质量检验，包装质量检验。
清宫寿桃丸中的枸杞子选用宁夏中宁县所产之头茬枸杞，以色红、粒大、肉厚、质柔润、籽少、甘甜者为佳。其炮制方法独特，拣净，酒煮，取汁熬膏。且所用酒为选用优质糯米、曲和鉴湖水为原料，采取独特的工艺，用摊饭法精制而成的味厚、芳香的黄酒——绍兴加饭酒。人参选用芦长条粗、体丰坚实、支大、腿长人参。炮制时洗净去芦头使用牛奶蒸制，蒸至乳汁完全入药。而用牛乳蒸制的炮制方法也是清宫寿桃丸的一大特色，原清代宫廷制剂时使用的并不是牛乳而是人乳，其炮制用心可堪对比。后经达仁堂研究用牛乳替代人乳功效不变，成本之高可想而知。为保持药效,牛乳蒸制工艺采用传统的隔火蒸制96小时的工艺，达仁堂长期坚持这一标准，并严格监控整个流程。清宫寿桃丸所用中药材都是来自于道地药材产地，且药材供应单位是与达仁堂建立了长期合作伙伴关系的GAP基地。
再如地黄均选用产于古怀庆府（今河南省焦作市）所辖之县（市）区的大生地（即八块等大的生地足一斤以上者为大生地），其炮制遵古法，经酒浸，九蒸九晒为熟地黄为用。
另外再如天冬除选择地道上品药材之外还要去心；益智盐伴用面包裹炒熟；蚕砂微炒；分心木煅炭取性，为确保贵细药材足量投料,所有贵细药材都是先进行粉碎,再称量投料。
从上文达仁堂清宫寿桃丸独特的选材炮制方法的介绍可以看出，达仁堂在清宫寿桃丸的制备过程中，不仅选料上乘，而且精于遵古炮制，这才能从物质上和技术上保障清宫秘方的清宫寿桃丸还原以本来面目。
核桃：……去壳皮及内肉用中心十字衣……煅灰存性……；
枸杞子：……拣净酒煮取汁熬膏……；
益智仁：……去壳面包煨熟……；
大生地：……酒浸九蒸九晒……；
人参：……人乳蒸……；
天门冬：……去心……；
当归身：……酒洗……
清宫寿桃丸成方中的每一味药材都经过了严格的筛选和精心的加工，作为一项归入国家级非物质文化遗产的技艺，一些处理药材的细节需要保密，但清宫御方的基础、院士专家的研究成果和达仁堂制药厂对制药工艺精益求精的追求，共同保证了这味清宫寿桃丸的药效。
不仅每种药材处理得当、选材炮制不厌其烦，达仁堂在制剂过程中依旧遵循古法，延用宫廷秘制之方，确保药效。清宫寿桃丸制剂时将人参、地黄等几味药材逐一分别遵古炮制后，共置罐中，加入上文提到的上等绍兴加饭酒，优质牛乳，将罐盖密封，隔水加热数天，后将益智等另外几种药材磨成粗粉与上述蒸制的人参、地黄等蒸料拌匀，干燥，粉碎。这一流程采用低温低湿自动变温干燥技术，确保清宫寿桃丸在干燥过程中保持药效质量。干燥粉碎之后就加入传统工艺炼制的纯蜂蜜充分炼合,用现代化设备制成水蜜丸,药丸为梧桐子大小（清代计量单位等于0.25ml，相当于10粟米大小，遵古效法，便于服用）整个过程中无任何添加剂。
每个工艺环节有执行标准，有流程监控，有检查标准，达仁堂制药厂以自己的责任感、使命感来完成整个制药过程，让一粒粒品质上佳的清宫寿桃丸为服用者带去御药一般的滋补疗效。